Las ventajas de utilizar el bus USB en comparación con los puertos convencionales son notorias. Entre ellas destaca la estandarización en los dispositivos conectados, que evita tener que utilizar varios tipos de conectores distintos como el puerto serie, el paralelo o incluso los puertos de tipo PS/2 para teclado y ratón. Éstos no sólo presentan limitaciones relacionadas con la velocidad sino, sobre todo, con la cantidad de dispositivos que pueden conectarse. Cuando el sistema cuenta con un número elevado de periféricos externos empiezan los problemas; viéndose el usuario en la necesidad de adquirir tarjetas de expansión adicionales para el puerto paralelo y serie, o tarjetas SCSI de baja velocidad. Sin embargo, si el ordenador dispone de conexión USB (que hoy en día es lo habitual) todos los periféricos se podrán enlazar al mismo bus. Hay que tener en cuenta que, al igual que ocurrió con las tarjetas de expansión ISA, los puertos a los que nos hemos referido antes están condenados, a medio y largo plazo, a desaparecer.
Debido que su capacidad es mayor que otros dispositivos es más fácil que un virus se aloje en ella. Sabemos que ha medida que se va creando un nuevo hardware tambien se va desarrollando el software, ambos componentes avanzan paralelamente. Entonces cuando más capaces sean los medios de almacenamiento, más pesados será los programas y como los virus son porgramas también evolucionan, y estos son creados no solo para atacar el software sino también el hardware.
Debido a la gran variedad de tarjetas de memoria, es díficil que una computadora tenga el lector de todas las trajetas existentes. Otra desventaja es que por su pequeño tamaño pueden perderse fácilmente.
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